CentOS7でMySQLのインストールがエラーになった

MySQLのインストールがエラーになった恥ずかしいミス

7上にMySQL5.6をインストール使用とした際にエラーが発生してインストールできない状況になりました。結果から言えば、とても恥ずかしいミスによるものでした。ちゃんと確認しましょうね。という内容です。

エラーログ

よく見れば判る問題ですが、この時点では気付いていませんでした。

エラー: パッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64 (mysql-connectors-community)

上記でなんとなく判るかと思います。
ログは長いですが、全てを記載させていただいています。

[root@centos7-101 ~]# yum install mysql mysql-devel mysql-server mysql-utilities
読み込んだプラグイン:fastestmirror
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: ftp.iij.ad.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * remi-safe: mirror.reconn.ru
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-client.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: mysql-community-libs(x86-64) >= 5.6.10 のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Sys::Hostname) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(IPC::Open3) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Getopt::Long) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(File::Temp) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Fcntl) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Exporter) のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: /usr/bin/perl のパッケージ: mysql-community-client-5.6.39-2.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-community-devel.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 
---> パッケージ mysql-community-server.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: mysql-community-common(x86-64) = 5.6.39-2.el6 のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(File::Spec) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(File::Path) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Data::Dumper) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(DBI) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: net-tools のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: libaio.so.1(LIBAIO_0.4)(64bit) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: libaio.so.1(LIBAIO_0.1)(64bit) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
--> 依存性の処理をしています: libaio.so.1()(64bit) のパッケージ: mysql-community-server-5.6.39-2.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
--> 依存性の処理をしています: mysql-connector-python >= 2.0.0 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ libaio.x86_64 0:0.3.109-13.el7 を 
---> パッケージ mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を 不要
---> パッケージ mysql-community-common.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 
---> パッケージ mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 非推奨
---> パッケージ mysql-connector-python.x86_64 0:2.1.7-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
---> パッケージ net-tools.x86_64 0:2.0-0.22.20131004git.el7 を 
---> パッケージ perl.x86_64 4:5.16.3-292.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl-libs = 4:5.16.3-292.el7 のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Socket) >= 1.3 のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Scalar::Util) >= 1.10 のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl-macros のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl-libs のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(threads::shared) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(threads) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(constant) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Time::Local) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Time::HiRes) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Storable) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Socket) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Scalar::Util) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Pod::Simple::XHTML) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Pod::Simple::Search) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Filter::Util::Call) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(Carp) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: libperl.so()(64bit) のパッケージ: 4:perl-5.16.3-292.el7.x86_64
---> パッケージ perl-DBI.x86_64 0:1.627-4.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(RPC::PlServer) >= 0.2001 のパッケージ: perl-DBI-1.627-4.el7.x86_64
--> 依存性の処理をしています: perl(RPC::PlClient) >= 0.2000 のパッケージ: perl-DBI-1.627-4.el7.x86_64
---> パッケージ perl-Data-Dumper.x86_64 0:2.145-3.el7 を 
---> パッケージ perl-Exporter.noarch 0:5.68-3.el7 を 
---> パッケージ perl-File-Path.noarch 0:2.09-2.el7 を 
---> パッケージ perl-File-Temp.noarch 0:0.23.01-3.el7 を 
---> パッケージ perl-Getopt-Long.noarch 0:2.40-2.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(Pod::Usage) >= 1.14 のパッケージ: perl-Getopt-Long-2.40-2.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Text::ParseWords) のパッケージ: perl-Getopt-Long-2.40-2.el7.noarch
---> パッケージ perl-PathTools.x86_64 0:3.40-5.el7 を 
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-connector-python.x86_64 0:2.1.7-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
---> パッケージ perl-Carp.noarch 0:1.26-244.el7 を 
---> パッケージ perl-Filter.x86_64 0:1.49-3.el7 を 
---> パッケージ perl-PlRPC.noarch 0:0.2020-14.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(Net::Daemon) >= 0.13 のパッケージ: perl-PlRPC-0.2020-14.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Net::Daemon::Test) のパッケージ: perl-PlRPC-0.2020-14.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Net::Daemon::Log) のパッケージ: perl-PlRPC-0.2020-14.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Compress::Zlib) のパッケージ: perl-PlRPC-0.2020-14.el7.noarch
---> パッケージ perl-Pod-Simple.noarch 1:3.28-4.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(Pod::Escapes) >= 1.04 のパッケージ: 1:perl-Pod-Simple-3.28-4.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Encode) のパッケージ: 1:perl-Pod-Simple-3.28-4.el7.noarch
---> パッケージ perl-Pod-Usage.noarch 0:1.63-3.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(Pod::Text) >= 3.15 のパッケージ: perl-Pod-Usage-1.63-3.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl-Pod-Perldoc のパッケージ: perl-Pod-Usage-1.63-3.el7.noarch
---> パッケージ perl-Scalar-List-Utils.x86_64 0:1.27-248.el7 を 
---> パッケージ perl-Socket.x86_64 0:2.010-4.el7 を 
---> パッケージ perl-Storable.x86_64 0:2.45-3.el7 を 
---> パッケージ perl-Text-ParseWords.noarch 0:3.29-4.el7 を 
---> パッケージ perl-Time-HiRes.x86_64 4:1.9725-3.el7 を 
---> パッケージ perl-Time-Local.noarch 0:1.2300-2.el7 を 
---> パッケージ perl-constant.noarch 0:1.27-2.el7 を 
---> パッケージ perl-libs.x86_64 4:5.16.3-292.el7 を 
---> パッケージ perl-macros.x86_64 4:5.16.3-292.el7 を 
---> パッケージ perl-threads.x86_64 0:1.87-4.el7 を 
---> パッケージ perl-threads-shared.x86_64 0:1.43-6.el7 を 
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-connector-python.x86_64 0:2.1.7-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
---> パッケージ perl-Encode.x86_64 0:2.51-7.el7 を 
---> パッケージ perl-IO-Compress.noarch 0:2.061-2.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(Compress::Raw::Zlib) >= 2.061 のパッケージ: perl-IO-Compress-2.061-2.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(Compress::Raw::Bzip2) >= 2.061 のパッケージ: perl-IO-Compress-2.061-2.el7.noarch
---> パッケージ perl-Net-Daemon.noarch 0:0.48-5.el7 を 
---> パッケージ perl-Pod-Escapes.noarch 1:1.04-292.el7 を 
---> パッケージ perl-Pod-Perldoc.noarch 0:3.20-4.el7 を 
--> 依存性の処理をしています: perl(parent) のパッケージ: perl-Pod-Perldoc-3.20-4.el7.noarch
--> 依存性の処理をしています: perl(HTTP::Tiny) のパッケージ: perl-Pod-Perldoc-3.20-4.el7.noarch
---> パッケージ perl-podlators.noarch 0:2.5.1-3.el7 を 
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-connector-python.x86_64 0:2.1.7-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64
---> パッケージ mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el6 を 
--> 依存性の処理をしています: python(abi) = 2.6 のパッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch
---> パッケージ perl-Compress-Raw-Bzip2.x86_64 0:2.061-3.el7 を 
---> パッケージ perl-Compress-Raw-Zlib.x86_64 1:2.061-4.el7 を 
---> パッケージ perl-HTTP-Tiny.noarch 0:0.033-3.el7 を 
---> パッケージ perl-parent.noarch 1:0.225-244.el7 を 
--> 依存性解決を終了しました。
エラー: パッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64 (mysql-connectors-community)
             要求: python(abi) = 2.6
            : python-2.7.5-58.el7.x86_64 (@base)
                python(abi) = 2.7
                python(abi) = 2.7
            利用可能: python34-3.4.5-5.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.4
            利用可能: python36-3.6.3-7.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.6
                python(abi) = 3.6
エラー: パッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch (mysql-tools-community)
             要求: python(abi) = 2.6
            : python-2.7.5-58.el7.x86_64 (@base)
                python(abi) = 2.7
                python(abi) = 2.7
            利用可能: python34-3.4.5-5.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.4
            利用可能: python36-3.6.3-7.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.6
                python(abi) = 3.6
 問題を回避するために --skip-broken を用いることができます。
 これらを試行できます: rpm -Va --nofiles --nodigest

yum updateしていないからか?なんて思ってyum updateを実行してみました。

[root@centos7-101 ~]# yum update
読み込んだプラグイン:fastestmirror
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: ftp.iij.ad.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * remi-safe: mirrors.mediatemple.net
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を 不要
---> パッケージ mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 非推奨
--> 依存性の処理をしています: mysql-community-common(x86-64) >= 5.6.10 のパッケージ: mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-common.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を インストール
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

====================================================================================================
 Package                        アーキテクチャー
                                               バージョン           リポジトリー               容量
====================================================================================================
インストール中:
 mysql-community-libs           x86_64         5.6.39-2.el6         mysql56-community         1.9 M
     mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を入れ替えます
依存性関連でのインストールをします:
 mysql-community-common         x86_64         5.6.39-2.el6         mysql56-community         308 k

トランザクションの要約
====================================================================================================
インストール  1 パッケージ (+1 個の依存関係のパッケージ)

総ダウンロード容量: 2.2 M
Is this ok [y/d/N]: y
Downloading packages:
mysql-community-common-5.6.39- FAILED                                          
http://repo.mysql.com/yum/mysql-5.6-community/el/7/x86_64/mysql-community-common-5.6.39-2.el6.x86_64.rpm: [Errno 14] HTTP Error 404 - Not Found
他のミラーを試します。
To address this issue please refer to the below wiki article 

https://wiki.centos.org/yum-errors

If above article doesn't help to resolve this issue please use https://bugs.centos.org/.

mysql-community-libs-5.6.39-2. FAILED                                          
http://repo.mysql.com/yum/mysql-5.6-community/el/7/x86_64/mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64.rpm: [Errno 14] HTTP Error 404 - Not Found
他のミラーを試します。


Error downloading packages:
  mysql-community-common-5.6.39-2.el6.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.

エラーが発生していることが判ります。

調べてみる

そもそも今回のサーバはCentOS7なので、mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm が呼ばれること自体が問題なんです。
コマンドの履歴を確認すると

[root@centos7-101 ~]# yum install http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm

普通にmysql-community-release-el6-5.noarch.rpmをインストールしてました。
こうなってしまうと、色々とバージョン不整合を起こすのは当然ですね。

エラー: パッケージ: mysql-connector-python-2.1.7-1.el6.x86_64 (mysql-connectors-community)
             要求: python(abi) = 2.6
            インストール: python-2.7.5-58.el7.x86_64 (@base)
                python(abi) = 2.7
                python(abi) = 2.7
            利用可能: python34-3.4.5-5.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.4
            利用可能: python36-3.6.3-7.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.6
                python(abi) = 3.6
エラー: パッケージ: mysql-utilities-1.6.5-1.el6.noarch (mysql-tools-community)
             要求: python(abi) = 2.6
            インストール: python-2.7.5-58.el7.x86_64 (@base)
                python(abi) = 2.7
                python(abi) = 2.7
            利用可能: python34-3.4.5-5.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.4
            利用可能: python36-3.6.3-7.el7.x86_64 (epel)
                python(abi) = 3.6
                python(abi) = 3.6
 問題を回避するために --skip-broken を用いることができます。
 これらを試行できます: rpm -Va --nofiles --nodigest

間違いに気付いたので対処します

私がインストールしたリポジトリがCentOS6用のものだったのが原因です。
mysql-community-release-el6-5.noarch ではなく mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm が必要でした。
まずは、リポジトリを削除します。

[root@centos7-101 ~]# yum remove mysql-community-release.noarch
読み込んだプラグイン:fastestmirror
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-release.noarch 0:el6-5 を 削除
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

====================================================================================================
 Package                            アーキテクチャー  バージョン         リポジトリー          容量
====================================================================================================
削除中:
 mysql-community-release            noarch            el6-5              installed            4.3 k

トランザクションの要約
====================================================================================================
削除  1 パッケージ

インストール容量: 4.3 k
上記の処理を行います。よろしいでしょうか? [y/N]y
Downloading packages:
Running transaction check
Running transaction test
Transaction test succeeded
Running transaction
  削除中                  : mysql-community-release-el6-5.noarch                                1/1 
  検証中                  : mysql-community-release-el6-5.noarch                                1/1 

削除しました:
  mysql-community-release.noarch 0:el6-5                                                            

完了しました!

続いて、正しいリポジトリをインストールします。

[root@centos7-101 ~]# yum install http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm
読み込んだプラグイン:fastestmirror
mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm                                     | 6.0 kB  00:00:00     
/var/tmp/yum-root-63aYQ2/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm を調べています: mysql-community-release-el7-5.noarch
/var/tmp/yum-root-63aYQ2/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpm をインストール済みとして設定しています
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-release.noarch 0:el7-5 を インストール
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

====================================================================================================
 Package                     アーキテクチャー
                                        バージョン  リポジトリー                               容量
====================================================================================================
インストール中:
 mysql-community-release     noarch     el7-5       /mysql-community-release-el7-5.noarch     4.3 k

トランザクションの要約
====================================================================================================
インストール  1 パッケージ

合計容量: 4.3 k
インストール容量: 4.3 k
Is this ok [y/d/N]: y
Downloading packages:
Running transaction check
Running transaction test
Transaction test succeeded
Running transaction
  インストール中          : mysql-community-release-el7-5.noarch                                1/1 
  検証中                  : mysql-community-release-el7-5.noarch                                1/1 

インストール:
  mysql-community-release.noarch 0:el7-5                                                            

完了しました!

再度実行

ここでyum updateを実行してみます。

[root@centos7-101 ~]# yum update
読み込んだプラグイン:fastestmirror
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: ftp.iij.ad.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * remi-safe: mirrors.mediatemple.net
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を 不要
---> パッケージ mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を 非推奨
--> 依存性の処理をしています: mysql-community-common(x86-64) >= 5.6.10 のパッケージ: mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-common.x86_64 0:5.6.39-2.el6 を インストール
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

====================================================================================================
 Package                        アーキテクチャー
                                               バージョン           リポジトリー               容量
====================================================================================================
インストール中:
 mysql-community-libs           x86_64         5.6.39-2.el6         mysql56-community         1.9 M
     mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を入れ替えます
依存性関連でのインストールをします:
 mysql-community-common         x86_64         5.6.39-2.el6         mysql56-community         308 k

トランザクションの要約
====================================================================================================
インストール  1 パッケージ (+1 個の依存関係のパッケージ)

総ダウンロード容量: 2.2 M
Is this ok [y/d/N]: y
Downloading packages:
mysql-community-common-5.6.39- FAILED                                          
http://repo.mysql.com/yum/mysql-5.6-community/el/7/x86_64/mysql-community-common-5.6.39-2.el6.x86_64.rpm: [Errno 14] HTTP Error 404 - Not Found
他のミラーを試します。
To address this issue please refer to the below wiki article 

https://wiki.centos.org/yum-errors

If above article doesn't help to resolve this issue please use https://bugs.centos.org/.

mysql-community-libs-5.6.39-2. FAILED                                          
http://repo.mysql.com/yum/mysql-5.6-community/el/7/x86_64/mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64.rpm: [Errno 14] HTTP Error 404 - Not Found
他のミラーを試します。


Error downloading packages:
  mysql-community-common-5.6.39-2.el6.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.
  mysql-community-libs-5.6.39-2.el6.x86_64: [Errno 256] No more mirrors to try.

エラーになりました。
mysql-community-common-5.6.39-2.el6.x86_64.rpmを呼び出しているのでエラーになっています。

##対処
このエラーは、yumのキャッシュが残っているのが原因です。
yum clean allコマンドでyumのキャッシュをリセットします。

[root@centos7-101 yum.repos.d]# yum clean all
読み込んだプラグイン:fastestmirror
リポジトリーを清掃しています: base epel extras mysql-connectors-community mysql-tools-community
                            : mysql56-community packages-microsoft-com-prod remi-safe updates
Cleaning up everything
Maybe you want: rm -rf /var/cache/yum, to also free up space taken by orphaned data from disabled or removed repos
Cleaning up list of fastest mirrors

もう一度、yum updateを実行してみます。

[root@centos7-101 yum.repos.d]# yum update
読み込んだプラグイン:fastestmirror
base                                                                         | 3.6 kB  00:00:00     
epel/x86_64/metalink                                                         | 7.7 kB  00:00:00     
epel                                                                         | 4.7 kB  00:00:00     
extras                                                                       | 3.4 kB  00:00:00     
mysql-connectors-community                                                   | 2.5 kB  00:00:00     
mysql-tools-community                                                        | 2.5 kB  00:00:00     
mysql56-community                                                            | 2.5 kB  00:00:00     
packages-microsoft-com-prod                                                  | 2.9 kB  00:00:00     
remi-safe                                                                    | 2.9 kB  00:00:00     
updates                                                                      | 3.4 kB  00:00:00     
(1/12): base/7/x86_64/group_gz                                               | 156 kB  00:00:00     
(2/12): epel/x86_64/group_gz                                                 | 266 kB  00:00:00     
(3/12): mysql-connectors-community/x86_64/primary_db                         |  18 kB  00:00:00     
(4/12): mysql-tools-community/x86_64/primary_db                              |  38 kB  00:00:00     
(5/12): extras/7/x86_64/primary_db                                           | 166 kB  00:00:00     
(6/12): epel/x86_64/updateinfo                                               | 892 kB  00:00:00     
(7/12): mysql56-community/x86_64/primary_db                                  | 184 kB  00:00:00     
(8/12): packages-microsoft-com-prod/primary_db                               |  45 kB  00:00:00     
(9/12): updates/7/x86_64/primary_db                                          | 6.0 MB  00:00:01     
(10/12): base/7/x86_64/primary_db                                            | 5.7 MB  00:00:02     
(11/12): epel/x86_64/primary_db                                              | 6.2 MB  00:00:01     
(12/12): remi-safe/primary_db                                                | 1.1 MB  00:00:02     
Determining fastest mirrors
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: mirror.dmmlabs.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * remi-safe: mirror.reconn.ru
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を 不要
---> パッケージ mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.39-2.el7 を 非推奨
--> 依存性の処理をしています: mysql-community-common(x86-64) >= 5.6.10 のパッケージ: mysql-community-libs-5.6.39-2.el7.x86_64
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-common.x86_64 0:5.6.39-2.el7 を インストール
--> 依存性解決を終了しました。

依存性を解決しました

====================================================================================================
 Package                        アーキテクチャー
                                               バージョン           リポジトリー               容量
====================================================================================================
インストール中:
 mysql-community-libs           x86_64         5.6.39-2.el7         mysql56-community         2.0 M
     mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7 を入れ替えます
依存性関連でのインストールをします:
 mysql-community-common         x86_64         5.6.39-2.el7         mysql56-community         257 k

トランザクションの要約
====================================================================================================
インストール  1 パッケージ (+1 個の依存関係のパッケージ)

総ダウンロード容量: 2.3 M
Is this ok [y/d/N]: y
Downloading packages:
警告: /var/cache/yum/x86_64/7/mysql56-community/packages/mysql-community-common-5.6.39-2.el7.x86_64.rpm: ヘッダー V3 DSA/SHA1 Signature、鍵 ID 5072e1f5: NOKEY
mysql-community-common-5.6.39-2.el7.x86_64.rpm の公開鍵がインストールされていません
(1/2): mysql-community-common-5.6.39-2.el7.x86_64.rpm                        | 257 kB  00:00:00     
(2/2): mysql-community-libs-5.6.39-2.el7.x86_64.rpm                          | 2.0 MB  00:00:00     
----------------------------------------------------------------------------------------------------
合計                                                                7.2 MB/s | 2.3 MB  00:00:00     
file:/etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-mysql から鍵を取得中です。
Importing GPG key 0x5072E1F5:
 Userid     : "MySQL Release Engineering "
 Fingerprint: a4a9 4068 76fc bd3c 4567 70c8 8c71 8d3b 5072 e1f5
 Package    : mysql-community-release-el7-5.noarch (installed)
 From       : file:/etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-mysql
上記の処理を行います。よろしいでしょうか? [y/N]y
Running transaction check
Running transaction test
Transaction test succeeded
Running transaction
  インストール中          : mysql-community-common-5.6.39-2.el7.x86_64                          1/3 
  インストール中          : mysql-community-libs-5.6.39-2.el7.x86_64                            2/3 
  削除中                  : 1:mariadb-libs-5.5.56-2.el7.x86_64                                  3/3 
  検証中                  : mysql-community-libs-5.6.39-2.el7.x86_64                            1/3 
  検証中                  : mysql-community-common-5.6.39-2.el7.x86_64                          2/3 
  検証中                  : 1:mariadb-libs-5.5.56-2.el7.x86_64                                  3/3 

インストール:
  mysql-community-libs.x86_64 0:5.6.39-2.el7                                                        

依存性関連をインストールしました:
  mysql-community-common.x86_64 0:5.6.39-2.el7                                                      

置換:
  mariadb-libs.x86_64 1:5.5.56-2.el7                                                                

完了しました!

正常にyum updateが実施できました。

MySQL5.6をインストールしてみます

この後で、MySQL5.6を正常にインストールすることができました。

[root@centos7-101 ~]# yum install mysql mysql-devel mysql-server mysql-utilities
読み込んだプラグイン:fastestmirror
base                                                                         | 3.6 kB  00:00:00     
epel/x86_64/metalink                                                         | 6.1 kB  00:00:00     
extras                                                                       | 3.4 kB  00:00:00     
mysql-connectors-community                                                   | 2.5 kB  00:00:00     
mysql-tools-community                                                        | 2.5 kB  00:00:00     
mysql56-community                                                            | 2.5 kB  00:00:00     
packages-microsoft-com-prod                                                  | 2.9 kB  00:00:00     
remi-safe                                                                    | 2.9 kB  00:00:00     
updates                                                                      | 3.4 kB  00:00:00     
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * epel: mirror.dmmlabs.jp
 * extras: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
 * remi-safe: mirror.reconn.ru
 * updates: ftp.tsukuba.wide.ad.jp
依存性の解決をしています
--> トランザクションの確認を実行しています。
---> パッケージ mysql-community-client.x86_64 0:5.6.39-2.el7 を インストール

****長いので略****

インストール:
  mysql-community-client.x86_64 0:5.6.39-2.el7      mysql-community-devel.x86_64 0:5.6.39-2.el7     
  mysql-community-server.x86_64 0:5.6.39-2.el7      mysql-utilities.noarch 0:1.6.5-1.el7            

依存性関連をインストールしました:
  libaio.x86_64 0:0.3.109-13.el7                   mysql-connector-python.x86_64 0:2.1.7-1.el7     
  net-tools.x86_64 0:2.0-0.22.20131004git.el7      perl.x86_64 4:5.16.3-292.el7                    
  perl-Carp.noarch 0:1.26-244.el7                  perl-Compress-Raw-Bzip2.x86_64 0:2.061-3.el7    
  perl-Compress-Raw-Zlib.x86_64 1:2.061-4.el7      perl-DBI.x86_64 0:1.627-4.el7                   
  perl-Data-Dumper.x86_64 0:2.145-3.el7            perl-Encode.x86_64 0:2.51-7.el7                 
  perl-Exporter.noarch 0:5.68-3.el7                perl-File-Path.noarch 0:2.09-2.el7              
  perl-File-Temp.noarch 0:0.23.01-3.el7            perl-Filter.x86_64 0:1.49-3.el7                 
  perl-Getopt-Long.noarch 0:2.40-2.el7             perl-HTTP-Tiny.noarch 0:0.033-3.el7             
  perl-IO-Compress.noarch 0:2.061-2.el7            perl-Net-Daemon.noarch 0:0.48-5.el7             
  perl-PathTools.x86_64 0:3.40-5.el7               perl-PlRPC.noarch 0:0.2020-14.el7               
  perl-Pod-Escapes.noarch 1:1.04-292.el7           perl-Pod-Perldoc.noarch 0:3.20-4.el7            
  perl-Pod-Simple.noarch 1:3.28-4.el7              perl-Pod-Usage.noarch 0:1.63-3.el7              
  perl-Scalar-List-Utils.x86_64 0:1.27-248.el7     perl-Socket.x86_64 0:2.010-4.el7                
  perl-Storable.x86_64 0:2.45-3.el7                perl-Text-ParseWords.noarch 0:3.29-4.el7        
  perl-Time-HiRes.x86_64 4:1.9725-3.el7            perl-Time-Local.noarch 0:1.2300-2.el7           
  perl-constant.noarch 0:1.27-2.el7                perl-libs.x86_64 4:5.16.3-292.el7               
  perl-macros.x86_64 4:5.16.3-292.el7              perl-parent.noarch 1:0.225-244.el7              
  perl-podlators.noarch 0:2.5.1-3.el7              perl-threads.x86_64 0:1.87-4.el7                
  perl-threads-shared.x86_64 0:1.43-6.el7         

完了しました!

しっかりバージョンやファイル、URLを確認してインストールしましょう。というミスの記事でした。

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